2016年的排名列出了全球领先的500所研究型大学，共来自43个国家。其中美国高校共有137所，入选数量遥遥领先其他国家，中国（含香港和台湾）共有54所高校入选位列第二，德国入选38所，英国37所，澳大利亚23所，法国22所。
在2016年的排名中，哈佛大学仍然稳坐头把交椅，连续十四年蝉联全球第一；斯坦福大学仅次于哈佛大学，继续保持世界第2名；加州大学伯克利分校超越了麻省理工学院，位列世界第3名；剑桥大学从第5名升至第4名；牛津大学从去年的第10名跃至第7名。日本东京大学今年重登世界第20名，为亚洲唯一上榜世界二十强的大学。澳大利亚墨尔本大学从去年的世界第44名升至第40名。
中国大学方面，清华大学、北京大学率先取得历史性突破，挺进世界百强，分别排在58名和71名。浙江大学、上海交通大学、复旦大学、中国科学技术大学相比去年也都有明显进步，处在世界第101-150名。哈尔滨工业大学和西安交通大学首次进入世界两百强。
中山大学是世界两百强中唯一的一所C9（注：九校联盟——中国首个顶尖大学间的高校联盟，成员包括北京大学、清华大学、浙江大学、复旦大学、上海交通大学、南京大学、中国科学技术大学、哈尔滨工业大学、西安交通大学共9所高校。）以外的中国内地大学。
华南理工大学自2012年以来连续五年榜上有名，总体排名逐年提升，从最初的401-500名区间跃升至201-300名区间，进入世界大学300强行列，在国内上榜高校中排名第15位。
入围2016年软科世界大学学术排名世界五百强的我国内地大学共有41所，相比去年增加了9所。中国地质大学（武汉）和电子科技大学首次上榜就迈入世界第301-400名之列，中国海洋大学、湖南大学、南京理工大学、东北师范大学、武汉理工大学、东华大学、北京化工大学这7所大学都是第一次跻身世界五百强。
中国港台地区，排名最高的香港大学位列世界第101-150名，进入世界第151-200名的有台湾大学和台湾中国医药大学。香港浸会大学和高雄医学大学今年首次进入世界五百强